吴清平院士团队综述:《幽门螺杆菌抗菌药物耐药性检测的进展:从基于培养的技术到基于多组学的技术》
发布时间:2025-03-12 浏览次数:76 分享:
2025年2月9日,广东省科学院微生物研究所吴清平院士团队在学术期刊Helicobacter上发表了题为“Advances in Helicobacter pylori Antimicrobial Resistance Detection: From Culture-Based to Multi-Omics-Based Technologies”的综述性文章,系统阐述了幽门螺杆菌抗菌药物耐药性检测技术的发展。
幽门螺杆菌已被世界卫生组织和美国卫生与公众服务部列为明确的致癌物,全球感染率超50%,治疗前建议进行抗生素敏感性测试(AST)以指导临床用药。但目前的检测方法存在不足,该文章旨在介绍幽门螺杆菌耐药的发生机制、现有检测技术及潜在技术,为开发新检测方法提供参考。
一、幽门螺杆菌耐药机制(图一)
1、特定基因单核苷酸多态性(SNPs)突变:如23S rRNA、gyrA/gyrB等基因发生SNP,改变抗生素结合位点或相关酶功能,导致耐药。
2、药物外排泵:幽门螺杆菌有ABC、MFS等五大家族外排转运蛋白,如RND家族的HefA和GluP,其基因转录表达上升时,菌株对多种抗生素耐受性显著提高。
3、生物膜形成:幽门螺杆菌分泌多糖等物质形成生物膜,增强对抗生素的抗性,SpoT等基因参与生物膜形成过程。
4、形态变化:在外界刺激下,幽门螺杆菌从螺旋状转变为球形体,改变细胞膜通透性和代谢途径,减少抗生素进入并改变作用靶点,产生耐药表型。
图一 幽门螺杆菌的四种主要耐药机制
二、现有AST技术
1、基于表型的检测:传统微生物培养的生物质检测方法,如稀释法、纸片扩散法和E-test法,是目前临床微生物实验室检测幽门螺杆菌AST的金标准(图二),但存在操作繁琐、耗时长、成本高等问题。基于代谢活性的检测,如基于单细胞拉曼光谱(SCRS)平台的检测方法,虽能缩短检测时间,但存在对同位素和专业设备依赖等局限。
图二 基于表型的药敏实验检测
2、基于DNA的检测:常见的有聚合酶链反应(PCR)(图三)、荧光原位杂交(FISH)、全基因组测序(WGS)和基因芯片技术等。这些方法可针对耐药基因SNP进行检测,操作简便快速,但也存在假阴性、假阳性等问题。
图三 用于幽门螺杆菌AST的逆转录聚合酶链式反应(RT-PCR)的设计策略
3、基于蛋白质的检测:主要通过蛋白质免疫印迹(WB)检测幽门螺杆菌的耐药相关蛋白,如RdxA等,可部分弥补基于DNA检测方法的不足,但抗体昂贵、实验操作繁琐,限制了其应用。
三、潜在AST技术(图四)
1、核酸生物传感器:基于CRISPR/Cas系统的核酸识别系统可特异性识别核酸信号;结合生物素亲和、酶法和纳米技术等的核酸信号检测系统,能提高检测灵敏度;微流控技术实现的集成生物传感器,可降低检测难度、提高检测效率,但需解决幽门螺杆菌基因变异带来的问题。
2、转录组检测技术:通过检测耐药基因mRNA表达水平,可更准确预测幽门螺杆菌耐药表型,但幽门螺杆菌基因高度可变,开发相关系统需大规模临床验证 。
3、蛋白质光谱技术:基质辅助激光解吸电离飞行时间质谱(MALDI-TOF MS)可检测抗生素降解产物和耐药蛋白,在微生物耐药检测方面有优势,但针对幽门螺杆菌的相关系统需大规模多中心临床研究评估。
4、流式细胞术(FCM):可在单细胞水平区分幽门螺杆菌敏感和耐药菌株,解决菌群异质性问题,但多数检测依赖细菌培养,其在幽门螺杆菌AST中的应用需进一步评估。
图四 幽门螺杆菌潜在AST技术的四个维度
四、总结:幽门螺杆菌感染广泛且耐药率上升,但可靠的AST检测方法有限。现有技术各有优劣,未来需开发更精准、便捷、灵敏、自动化和无创的检测方法。新兴技术如生物传感器、转录组和蛋白质组检测方法以及FCM等,为幽门螺杆菌AST检测提供了新方向,有望推动相关检测技术的发展和临床应用。
原文信息:Kuang Z, Wu Y, Xie X, Zhao X, Chen H, Wu L, Gao H, Zhao H, Liang T, Zhang J, Li Y, Wu Q. Advances in Helicobacter pylori Antimicrobial Resistance Detection: From Culture-Based to Multi-Omics-Based Technologies. Helicobacter. 2025 Jan-Feb;30(1):e70007.
原文链接:10.1111/hel.70007