深圳市污水中诺如病毒的病毒趋势及基因型多样性
发布时间：2024-09-14 浏览次数：234 分享：
导读：诺如病毒（NoV）是全球急性胃肠炎（AGE）的主要病因之一，对公共卫生构成重大威胁。为了更好地监测和控制NoV的传播，研究通过深圳市的污水监测，探讨了NoV的流行趋势和基因型多样性。研究发现强调了污水监测在反映人群水平NoV感染、捕捉NoV基因型多样性以及利用污水中的NoV RNA作为特定指标补充临床监测数据，以增强预测NoV流行时间和强度的能力。此外，研究还建立了NoV浓度的基线值，可用于实施早期预警系统和非药物干预措施，以减轻潜在爆发的影响。
样品采集
污水样本收集与处理：研究中提到的污水监测是通过从深圳38个污水处理厂收集污水样本进行的，收集频率为每周一次或两次，时间跨度为2023年3月至2024年2月。样本采用24小时复合样本，每小时收集125毫升污水，并使用改良的“PEG（聚乙二醇）沉淀法”进行浓缩。浓缩后的样本使用自动核酸提取平台HBNP-9601A进行RNA提取，最终洗脱体积为50微升。随后，使用NoV GI & NoV GII Duplex-Detection Kit进行逆转录定量PCR（RT-qPCR）检测，在PCR延伸阶段测量NoV GI和GII目标基因的荧光强度，并使用人工合成的质粒DNA作为标准曲线进行定量。此外，还进行了PMMoV（Pepper Mild Mottle Virus）RT-qPCR作为定性内部指示器，以控制检测过程的质量。数据分析使用Microsoft Excel 2019进行整理，使用Stata 17.0进行分析，通过配对T检验评估NoV GI和NoV GII浓度的差异，使用斯皮尔曼等级相关检验评估污水中的NoV浓度与哨点医院检测率之间的关系，并使用iTOL（Interactive Tree Of Life）绘制进化树，使用R语言4.0.3进行图表制作和统计分析。
检测结果
基因型鉴定：通过高通量测序和生物信息学分析，鉴定出100个污水样本中的24种NoV基因型。病毒浓度：NoV GI和GII的浓度范围分别为5.0 × 10^4至1.7 × 10^6 copies/L和4.1 × 10^5至4.5 × 10^6 copies/L，GII的浓度高于GI。基因型分布：鉴定出9种NoV GI基因型和15种NoV GII基因型，GII.4和GII.17是主要的优势基因型。与临床数据的相关性：污水中的NoV GI和GII浓度与哨点医院的NoV感染检测率存在中等相关性。基因型流行趋势：GII.4和GII.17在不同地区的相对丰度趋势相似，提示存在跨区域传播的风险。
参考文献：Yue Z, Shi X, Zhang H, et al. The viral trends and genotype diversity of norovirus in the wastewater of Shenzhen, China[J]. Science of The Total Environment, 2024: 174884.
来源：微生物安全与健康网，作者~教杨。
